勤怠管理システムの設定内容でよくお話ししていることをお伝えしたいと思います。
「振休申請と代休申請は併用せず、どちらかの申請書のみとする」
休日に出勤する場合、振休（振替休日）が前提か、代休の取得が前提か、休日出勤手当の支払いが前提か、処理方法は各社それぞれ異なると思います。
勤怠管理システムの初期設定で、振休申請と代休申請を両方を設定し、従業員が申請の際に使い分けるような運用を想定されていることをよく聞きます。
しかし、振休申請と代休申請を併用すると操作ミスが多発し、現場が混乱する可能性が高くなります。
人事担当者の方であれば、振休と代休の違いが明確だと思いますが、現場の上司や従業員で、振休と代休が明確に分かっている方はあまり多くありません。
事前に申請する場合は振休、事後に申請する場合は代休など、曖昧なルールにより運用されているケースがほとんどです。
また、休日出勤と代休の業務プロセスで振替休日が運用されていることも、以外とくあります。
振替休日は、カレンダー上の休日と平日を入れ替えるものであり、代休は、休日出勤の代わりに取得できる休暇です。
今一度、業務プロセスを、確認されてみては、いかがでしょうか。
不安があれば、社労士の先生に相談することをお薦めします。
