勤怠管理システムにはシフト作成や各種申請機能が実装されていますが、主な役割は実績の記録です。
シフト関連では、シフトの作成や変更（交代）などの機能や申請がありますが、予定を調整するものではなく、実績の記録を行うためのものが主流です。(予定調整の機能を否定するものではありません)
シフトを変更（交代）したいと思った場合、いきなり申請するのではなく、上司や当事者間で、シフトの変更（交代）の打診や調整があると思います。
そして合意できれば、勤怠管理システムで申請承認の処理を行うのが実情ではないでしょうか。
有休申請でも、事前に上司などへ有休取得の打診を行い確認（合意）が取れれば、システムで申請を提出し、承認が行われます。
申請承認では差戻や却下の機能も存在しますが、事前の確認や調整なく、いきなり実施されることは少ないと思います。
勤怠管理システムは予定を調整するものではなく、実績（申請者や承認者、申請日など）を記録するものとイメージできれば、勘違いや過度な期待によるトラブルは避けられるかと思います。
世代間ギャップなどで、システム化のイメージが異なることも想定できる為、運用開始前に指針などを明確にしておくと、より安心かもしれません。
勤怠管理システムで社内の業務が改善することを願っています。
