勤怠管理システムの初期設定が完了するのは運用開始のタイミングではなく、運用開始から3か月前後です。
簡単にシステムの導入ステップを書きますと、
・業務内容の把握と整理（業務要件）
・業務プロセスから設定内容を定義（要件定義）
・初期設定、動作検証、など
を行い利用を開始します。
初期設定というとこのような工程をイメージされるかと思いますが、勤怠管理システムの場合、追加で以下の工程が必要になります。
「利用開始後に現場の状況に合わせ設定内容を微調整する」
利用開始後、1回目の締め、2回目の締めにを行う工程で、運用ルールや設定内容を微調整してくことで、中長期的な運用が可能な環境が出来上がります。
要件定義や初期設定では、管理側の理想に近い環境ができあがりますが、実際に運用できるかどうかは、運用してみないとわからない為です。
勤怠管理システムは全従業員が使うもので、全員が利用してもらえなければ成り立ちません。
理想の管理も重要ですが、従業員の負担をなるべく抑え、「あまり意識することなく利用できる環境」が、会社にとって理想の環境だと考えられます。
勤怠管理システムの導入では、運用開始後2〜3か月をあらかじめ調整期間として予定しておくと、余裕をもって稼働させられると思いますよ。
既存の管理方法との並行稼働も必要になりますし。
