勤怠管理システムを選ぶとき、その製品の機能に着目して比較を行うことが多いかと思います。
一定のレベルを超えた製品では、通常の運用で想定できる機能はほとんど実装されている為、機能を比較してもあまり差がつきません。
差がつくポイントは、使いやすさ（画面構成）です。
打刻する、勤務表を確認する、申請書を提出、承認するといった際の操作性は、製品毎に違いがあります。
また、同じ製品でも初期設定（要件定義を含む）の完成度により、大きな差が生じます。
初期設定が完璧であれば、給与計算ソフトへ連携する際、データの加工は不要になりますし、初期設定が不足していると手作業での対応が増えます。
但し、以下のケースでは対応できる製品が限られる場合も考えられます。
・労働法上問題がありそうな運用（良いか悪いかは別）
・労働法以上に従業員に有利に設定されている内容
・勤怠管理以外の要素が含まれている
この場合、規則やルールを変更することができれば、標準機能で対応ができる為、運用性が向上します。
変更できないルールであれば、カスタマイズにより対応できる製品を選択することも考えられますが、操作が複雑になることが想定される為、運用性は要確認です。
勤怠管理システムの良し悪しは、操作性と初期設定の完成度で大きく変化します。
自社で設定する場合は、初期設定がしやすいかどうか、メーカーで設定する場合は、要件定義などでコミュニケーションが取りやすいかどうか、がポイントになると思います。
製品選定の際に参考になれば幸いです。
