勤怠管理システムでは、設定完了・運用開始が導入作業のゴールではありません。
運用開始はあくまで導入作業の過程です。

製品を契約し、初期設定を行い、運用を開始する。
ここで安心してしまうケースは少なくありません。

しかし、この段階では実際に社内で運用できる状態になっているかどうかは分かりません。
勤怠管理システムにおいて、初期設定（要件定義）で設定する内容は、管理側にとって理想の状態です。
想定した勤務形態、管理方法（業務プロセス）、承認フローなど、要件定義を行い、設定をし、動作検証により不備がないことを確認しているかと思います。

ですが、運用を開始すると、現場との細かなズレが見えてきます。
想定外の勤務形態、部門での解釈の違い、現場特有の制限事項など、日々の運用や締め処理を通して、初めて気づく課題もあります。

こうしたズレを調整せずに運用を続けると、社内の不満が蓄積され、使えない勤怠管理システムが出来上がってしまいます。
勤怠管理システムにおいて、運用開始のタイミングは初期設定の完了ではなく、道半ばです。
運用開始後、3か月程度の時間をかけ、現場との調整を行うことで、自社に合ったシステム（設定）が作り上げられます。

自社で設定する場合はもとより、初期設定を外部へ委託する場合も、この認識があれば大きな失敗を回避できますし、委託先のレベルも測りやすいかと思います。
「運用開始から3か月を目途に初期設定を完了する」という心づもりで取り組んでみてください。

くれぐれも、「初期設定が中途半端な状態で運用を開始した場合の話ではありません」のでご注意ください。
運用開始時には動作検証も含め、要件定義どおりの設定になっているという認識があっての話ですよ。