勤怠管理システムの設定やサポートが難しいと言われることが多いですが、給与計算システムと比較しながら、その理由をお伝えします。

給与計算システムは、賃金規定などであらかじめ決められた内容を正確に処理し計算を行います。
勤怠管理システムは、就業規則により定められた内容に沿って、勤怠情報の記録や労働時間の集計を行います。
一見、同じように見えますが、給与計算になく、勤怠管理に含まれる要素として、「過程の管理」があります。

給与計算システムでは、勤怠管理システムから出力された結果をもとに給与を計算するため、細かい要素などが必要になりますが、インプット（勤怠情報）により、アウトプット（給与情報）を得られます。
勤怠管理システムでは、様々な事象を確定させる過程（プロセス）を記録し、管理していく必要があるため、規定通りの集計に加え、そのプロセスを反映させる必要があります。
このプロセスが厄介で、同じ変形労働時間制を適用していても、その解釈や管理プロセスにより、必要となる機能が各社それぞれ異なることがほとんどです。

残業時間の計上でも、打刻により計上することもあれば、申請・承認が必要な場合もあります。申請書を提出するタイミングを決めている会社もあったりします。
勤怠管理システムの設定やサポートをする場合、就業規則の内容に加え、業務プロセスを反映させる必要があり、それが複雑で各社ごとに異なることが、難易度を飛躍的に上げています。

給与計算システムと勤怠管理システムの違いとして、
・給与計算は人事担当者のみが利用する
・勤怠管理は従業員全員が利用する
といった利用者の違いをお話することが多いですが、利用者が違うことで、管理する内容も異なります。

勤怠管理システムを設定・サポートするときは、この内容を頭の片隅に置いておいてください。
もし設定前であれば、なるべく業務プロセスをシンプルにすることができれば管理コストは大幅に削減できるかもしれませんよ。